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Un fonctionnaire en activité bénéficie de congés de maladie ordinaire dont la durée totale peut atteindre douze mois, consécutifs ou non. Celui-ci conserve alors l'intégralité de son traitement pendant une durée de trois mois. Ce traitement est réduit de moitié pendant les neuf mois suivants. Un agent atteint d’une pathologie le rendant incapable de reprendre ses fonctions (soins et traitements prolongés, caractère invalidant et de gravité confirmée), a droit à un congé pour longue maladie, d’une durée maximale de trois ans. Son traitement lui sera intégralement versé pendant un an, puis sera diminué de moitié pendant les deux années suivantes. Enfin, le fonctionnaire peut aussi prétendre à un congé de longue durée, d’une durée de 5 ans au plus. Sa rémunération est maintenue à taux plein pendant trois ans, puis réduite de 50% les deux dernières années. Si, à l’issue de ce congé, l’agent ne peut pas reprendre ses fonctions ou ne peut bénéficier d’un poste adapté, il est mis en disponibilité d’office ou à la retraite s’il atteint l’âge légal. Son cas est alors soumis à la commission départementale des réformes.
Nouveauté : le décret n°2011-1245 du 5 octobre 2011 étend le dispositif actuellement en vigueur du maintien du demi-traitement à l'expiration des droits statutaires à congé maladie, longue maladie ou longue durée, pour les fonctionnaires en attente d'une décision de mise à la retraite pour invalidité, à tous les autres cas d'attente d'une décision de l'administration (réintégration, reclassement ou mise en disponibilité).